Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 in a university outbreak setting and implications for public health planning

Nickbakhsh S., Hughes J., Christofidis N., Griffiths E., Shaaban S., Enright J., Smollett K., Nomikou K., Palmalux N., Tong L., Carmichael S., Sreenu VB., Orton R., Goldstein EJ., Tomb RM., Robson SC., Connor TR., Loman NJ., Golubchik T., Nunez RTM., Bonsall D., Rambaut A., Snell LB., Livett R., Ludden C., Corden S., Nastouli E., Nebbia G., Johnston I., Lythgoe K., Torok ME., Goodfellow IG., Prieto JA., Saeed K., Jackson DK., Houlihan C., Frampton D., Hamilton WL., Witney AA., Bucca G., Pope CF., Moore C., Thomson EC., Harrison EM., Smith CP., Rogan F., Beckwith SM., Murray A., Singleton D., Eastick K., Sheridan LA., Randell P., Jackson LM., Ariani CV., Gonçalves S., Fairley DJ., Loose MW., Watkins J., Moses S., Nicholls S., Bull M., Amato R., Smith DL., Aanensen DM., Barrett JC., Aggarwal D., Shepherd JG., Curran MD., Parmar S., Parker MD., Williams C., Glaysher S., Underwood AP., Bashton M., Pacchiarini N., Loveson KF., Byott M., Carabelli AM., Templeton KE., de Silva TI., Wang D., Langford CF., Sillitoe J., Gunson RN., Cottrell S., O’Grady J., Kwiatkowski D., Lillie PJ., Cortes N., Moore N., Thomas C., Burns PJ., Mahungu TW., Liggett S., Beckett AH., Holden MTG., Levett LJ., Osman H., Hassan-Ibrahim MO., Simpson DA., Chand M., Gupta RK., Darby AC., Paterson S., Pybus OG., Volz EM., de Angelis D., Robertson DL., Page AJ., Martincorena I., Aigrain L., Bassett AR., Wong N., Taha Y., Erkiert MJ., Chapman MHS., Dewar R., McHugh MP., Mookerjee S., Aplin S., Harvey M., Sass T., Umpleby H., Wheeler H., McKenna JP., Warne B., Taylor JF., Chaudhry Y., Izuagbe R., Jahun AS., Young GR., McMurray C., McCann CM., Nelson A., Elliott S., Lowe H., Price A., Crown MR., Rey S., Roy S., Temperton B., Shaaban S., Hesketh AR., Laing KG., Monahan IM., Heaney J., Pelosi E., Silviera S., Wilson-Davies E., Fryer H., Adams H., du Plessis L., Johnson R., Harvey WT., Hughes J., Orton RJ., Spurgin LG., Bourgeois Y., Ruis C., O’Toole Á., Gourtovaia M., Sanderson T., Fraser C., Edgeworth J., Breuer J., Michell SL., Todd JA., John M., Buck D., Gajee K., Kay GL., Peacock SJ., Heyburn D., Kitchman K., McNally A., Pritchard DT., Dervisevic S., Muir P., Robinson E., Vipond BB., Ramadan NA., Jeanes C., Weldon D., Catalan J., Jones N., da Silva Filipe A., Williams C., Fuchs M., Miskelly J., Jeffries AR., Oliver K., Park NR., Ash A., Koshy C., Barrow M., Buchan SL., Mantzouratou A., Clark G., Holmes CW., Campbell S., Davis T., Tan NK., Brown JR., Harris KA., Kidd SP., Grant PR., Xu-McCrae L., Cox A., Madona P., Pond M., Randell PA., Withell KT., Williams C., Graham C., Denton-Smith R., Swindells E., Turnbull R., Sloan TJ., Bosworth A., Hutchings S., Pymont HM., Casey A., Ratcliffe L., Jones CR., Knight BA., Haque T., Hart J., Irish-Tavares D., Witele E., Mower C., Watson LK., Collins J., Eltringham G., Crudgington D., Macklin B., Iturriza-Gomara M., Lucaci AO., McClure PC., Carlile M., Holmes N., Moore C., Storey N., Rooke S., Yebra G., Craine N., Perry M., Alikhan N-F., Bridgett S., Cook KF., Fearn C., Goudarzi S., Lyons RA., Williams T., Haldenby ST., Durham J., Leonard S., Davies RM., Batra R., Blane B., Spyer MJ., Smith P., Yavus M., Williams RJ., Mahanama AIK., Samaraweera B., Girgis ST., Hansford SE., Green A., Beaver C., Bellis KL., Dorman MJ., Kay S., Prestwood L., Rajatileka S., Quick J., Poplawski R., Reynolds N., Mack A., Morriss A., Whalley T., Patel B., Georgana I., Hosmillo M., Pinckert ML., Stockton J., Henderson JH., Hollis A., Stanley W., Yew WC., Myers R., Thornton A., Adams A., Annett T., Asad H., Birchley A., Coombes J., Evans JM., Fina L., Gatica-Wilcox B., Gilbert L., Graham L., Hey J., Hilvers E., Jones S., Jones H., Kumziene-Summerhayes S., McKerr C., Powell J., Pugh G., Taylor S., Trotter AJ., Williams CA., Kermack LM., Foulkes BH., Gallis M., Hornsby HR., Louka SF., Pohare M., Wolverson P., Zhang P., MacIntyre-Cockett G., Trebes A., Moll RJ., Ferguson L., Goldstein EJ., Maclean A., Tomb R., Starinskij I., Thomson L., Southgate J., Kraemer MUG., Raghwani J., Zarebski AE., Boyd O., Geidelberg L., Illingworth CJ., Jackson C., Pascall D., Vattipally S., Freeman TM., Hsu SN., Lindsey BB., James K., Lewis K., Tonkin-Hill G., Tovar-Corona JM., Cox M., Abudahab K., Menegazzo M., Taylor BEW., Yeats CA., Mukaddas A., Wright DW., de Oliveira Martins L., Colquhoun R., Hill V., Jackson B., McCrone JT., Medd N., Scher E., Keatley J-P., Curran T., Morgan S., Maxwell P., Smith K., Eldirdiri S., Kenyon A., Holmes AH., Price JR., Wyatt T., Mather AE., SkvortsovHartley TJA., Guest M., Kitchen C., Merrick I., Munn R., Bertolusso B., Lynch J., Vernet G., Kirk S., Wastnedge E., Stanley R., Idle G., Bradley DT., Poyner J., Mori M., Jones O., Wright V., Brooks E., Churcher CM., Fragakis M., Galai K., Jermy A., Judges S., McManus GM., Smith KS., Westwick E., Attwood SW., Bolt F., Davies A., De Lacy E., Downing F., Edwards S., Meadows L., Jeremiah S., Smith N., Foulser L., Charalampous T., Patel A., Berry L., Boswell T., Fleming VM., Howson-Wells HC., Joseph A., Khakh M., Lister MM., Bird PW., Fallon K., Helmer T., McMurray CL., Odedra M., Shaw J., Tang JW., Willford NJ., Blakey V., Raviprakash V., Sheriff N., Williams L-A., Feltwell T., Bedford L., Cargill JS., Hughes W., Moore J., Stonehouse S., Atkinson L., Lee JCD., Shah D., Alcolea-Medina A., Ohemeng-Kumi N., Ramble J., Sehmi J., Williams R., Chatterton W., Pusok M., Everson W., Castigador A., Macnaughton E., El Bouzidi K., Lampejo T., Sudhanva M., Breen C., Sluga G., Ahmad SSY., George RP., Machin NW., Binns D., James V., Blacow R., Coupland L., Smith L., Barton E., Padgett D., Scott G., Cross A., Mirfenderesky M., Greenaway J., Cole K., Clarke P., Duckworth N., Walsh S., Bicknell K., Impey R., Wyllie S., Hopes R., Bishop C., Chalker V., Harrison I., Gifford L., Molnar Z., Auckland C., Evans C., Johnson K., Partridge DG., Raza M., Baker P., Bonner S., Essex S., Murray LJ., Lawton AI., Burton-Fanning S., Payne BAI., Waugh S., Gomes AN., Kimuli M., Murray DR., Ashfield P., Dobie D., Ashford F., Best A., Crawford L., Cumley N., Mayhew M., Megram O., Mirza J., Moles-Garcia E., Percival B., Driscoll M., Ensell L., Lowe HL., Maftei L., Mondani M., Chaloner NJ., Cogger BJ., Easton LJ., Huckson H., Lewis J., Lowdon S., Malone CS., Munemo F., Mutingwende M., Nicodemi R., Podplomyk O., Somassa T., Beggs A., Richter A., Cormie C., Dias J., Forrest S., Higginson EE., Maes M., Young J., Davidson RK., Jackson KA., Turtle L., Keeley AJ., Ball J., Byaruhanga T., Chappell JG., Dey J., Hill JD., Park EJ., Fanaie A., Hilson RA., Yaze G., Lo S., Afifi S., Beer R., Maksimovic J., McCluggage K., Spellman K., Bresner C., Fuller W., Marchbank A., Workman T., Shelest E., Debebe J., Sang F., Zamudio ME., Francois S., Gutierrez B., Vasylyeva TI., Flaviani F., Ragonnet-Cronin M., Smollett KL., Broos A., Mair D., Nichols J., Nomikou K., Tong L., Tsatsani I., O’Brien S., Rushton S., Sanderson R., Perkins J., Cotton S., Gallagher A., Allara E., Pearson C., Bibby D., Dabrera G., Ellaby N., Gallagher E., Hubb J., Lackenby A., Lee D., Manesis N., Mbisa T., Platt S., Twohig KA., Morgan M., Aydin A., Baker DJ., Foster-Nyarko E., Prosolek SJ., Rudder S., Baxter C., Carvalho SF., Lavin D., Mariappan A., Radulescu C., Singh A., Tang M., Morcrette H., Bayzid N., Cotic M., Balcazar CE., Gallagher MD., Maloney D., Stanton TD., Williamson KA., Manley R., Michelsen ML., Sambles CM., Studholme DJ., Warwick-Dugdale J., Eccles R., Gemmell M., Gregory R., Hughes M., Nelson C., Rainbow L., Vamos EE., Webster HJ., Whitehead M., Wierzbicki C., Angyal A., Green LR., Whiteley M., Betteridge E., Bronner IF., Farr BW., Goodwin S., Lensing SV., McCarthy SA., Quail MA., Rajan D., Redshaw NM., Scott C., Shirley L., Thurston SAJ., Rowe W., Gaskin A., Le-Viet T., Bonfield J., Liddle J., Whitwham A., Templeton K., Gunson RN., da Silva Filipe A., Milosevic C., Thomson E., Robertson DL., Holden MTG., Illingworth CJR., Smith-Palmer A.