The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance

Tegally H., San JE., Cotten M., Moir M., Tegomoh B., Mboowa G., Martin DP., Baxter C., Lambisia AW., Diallo A., Amoako DG., Diagne MM., Sisay A., Zekri A-RN., Gueye AS., Sangare AK., Ouedraogo A-S., Sow A., Musa AO., Sesay AK., Abias AG., Elzagheid AI., Lagare A., Kemi A-S., Abar AE., Johnson AA., Fowotade A., Oluwapelumi AO., Amuri AA., Juru A., Kandeil A., Mostafa A., Rebai A., Sayed A., Kazeem A., Balde A., Christoffels A., Trotter AJ., Campbell A., Keita AK., Kone A., Bouzid A., Souissi A., Agweyu A., Naguib A., Gutierrez AV., Nkeshimana A., Page AJ., Yadouleton A., Vinze A., Happi AN., Chouikha A., Iranzadeh A., Maharaj A., Batchi-Bouyou AL., Ismail A., Sylverken AA., Goba A., Femi A., Sijuwola AE., Marycelin B., Salako BL., Oderinde BS., Bolajoko B., Diarra B., Herring BL., Tsofa B., Lekana-Douki B., Mvula B., Njanpop-Lafourcade B-M., Marondera BT., Khaireh BA., Kouriba B., Adu B., Pool B., McInnis B., Brook C., Williamson C., Nduwimana C., Anscombe C., Pratt CB., Scheepers C., Akoua-Koffi CG., Agoti CN., Mapanguy CM., Loucoubar C., Onwuamah CK., Ihekweazu C., Malaka CN., Peyrefitte C., Grace C., Omoruyi CE., Rafaï CD., Morang’a CM., Erameh C., Lule DB., Bridges DJ., Mukadi-Bamuleka D., Park D., Rasmussen DA., Baker D., Nokes DJ., Ssemwanga D., Tshiabuila D., Amuzu DSY., Goedhals D., Grant DS., Omuoyo DO., Maruapula D., Wanjohi DW., Foster-Nyarko E., Lusamaki EK., Simulundu E., Ong’era EM., Ngabana EN., Abworo EO., Otieno E., Shumba E., Barasa E., Ahmed EB., Ahmed EA., Lokilo E., Mukantwari E., Philomena E., Belarbi E., Simon-Loriere E., Anoh EA., Manuel E., Leendertz F., Taweh FM., Wasfi F., Abdelmoula F., Takawira FT., Derrar F., Ajogbasile FV., Treurnicht F., Onikepe F., Ntoumi F., Muyembe FM., Ragomzingba FEZ., Dratibi FA., Iyanu F-A., Mbunsu GK., Thilliez G., Kay GL., Akpede GO., van Zyl GU., Awandare GA., Kpeli GS., Schubert G., Maphalala GP., Ranaivoson HC., Omunakwe HE., Onywera H., Abe H., Karray H., Nansumba H., Triki H., Kadjo HAA., Elgahzaly H., Gumbo H., Mathieu H., Kavunga-Membo H., Smeti I., Olawoye IB., Adetifa IMO., Odia I., Ben Boubaker IB., Muhammad IA., Ssewanyana I., Wurie I., Konstantinus IS., Halatoko JWA., Ayei J., Sonoo J., Makangara J-CC., Tamfum J-JM., Heraud J-M., Shaffer JG., Giandhari J., Musyoki J., Nkurunziza J., Uwanibe JN., Bhiman JN., Yasuda J., Morais J., Kiconco J., Sandi JD., Huddleston J., Odoom JK., Morobe JM., Gyapong JO., Kayiwa JT., Okolie JC., Xavier JS., Gyamfi J., Wamala JF., Bonney JHK., Nyandwi J., Everatt J., Nakaseegu J., Ngoi JM., Namulondo J., Oguzie JU., Andeko JC., Lutwama JJ., Mogga JJH., O’Grady J., Siddle KJ., Victoir K., Adeyemi KT., Tumedi KA., Carvalho KS., Mohammed KS., Dellagi K., Musonda KG., Duedu KO., Fki-Berrajah L., Singh L., Kepler LM., Biscornet L., de Oliveira Martins L., Chabuka L., Olubayo L., Ojok LD., Deng LL., Ochola-Oyier LI., Tyers L., Mine M., Ramuth M., Mastouri M., ElHefnawi M., Mbanne M., Matsheka MI., Kebabonye M., Diop M., Momoh M., Lima Mendonça MDL., Venter M., Paye MF., Faye M., Nyaga MM., Mareka M., Damaris M-M., Mburu MW., Mpina MG., Owusu M., Wiley MR., Tatfeng MY., Ayekaba MO., Abouelhoda M., Beloufa MA., Seadawy MG., Khalifa MK., Matobo MM., Kane M., Salou M., Mbulawa MB., Mwenda M., Allam M., Phan MVT., Abid N., Rujeni N., Abuzaid N., Ismael N., Elguindy N., Top NM., Dia N., Mabunda N., Hsiao N-Y., Silochi NB., Francisco NM., Saasa N., Bbosa N., Murunga N., Gumede N., Wolter N., Sitharam N., Ndodo N., Ajayi NA., Tordo N., Mbhele N., Razanajatovo NH., Iguosadolo N., Mba N., Kingsley OC., Sylvanus O., Femi O., Adewumi OM., Testimony O., Ogunsanya OA., Fakayode O., Ogah OE., Oludayo O-E., Faye O., Smith-Lawrence P., Ondoa P., Combe P., Nabisubi P., Semanda P., Oluniyi PE., Arnaldo P., Quashie PK., Okokhere PO., Bejon P., Dussart P., Bester PA., Mbala PK., Kaleebu P., Abechi P., El-Shesheny R., Joseph R., Aziz RK., Essomba RG., Ayivor-Djanie R., Njouom R., Phillips RO., Gorman R., Kingsley RA., Neto Rodrigues RMDESA., Audu RA., 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Shibemba AL., Obong AE., Fadeyi A., Anas A., Shabaan AE., Adel AM., Shoka AMA., Abdelhamid W., Laraqui A., Laatiris A., Bellefquih AM., Faouzi A., Abdelmoulah F., Essabbar A., Bimouhen A., Hilali A., Abdo I., Padane A., Sangaré AK., Soumah AK., Djimde A., Toure A., Kanteh A., Bashein A., Salama A., Lojuan A., Bayih AG., Negash AA., Lissom A., Abid N., Konou AA., Shama A., Abosede O., Abouelnaga S., Ali A., Anang AK., Tesfaye A., Khan AK., Tayachew A., Mihret A., AlEmam AA., Hawi A., Adesegun A., Desta AF., Ghassan A., Traoré A., Adjiratou Aissatou BA., Sadji A., Egli A., Mendes A., Abera A., Candé A., Alaoui A., Pedro A., Agbodzi B., Ageez AM., Ayouba A., Alarif A., Kayed AE., El-Taweel A., Elsayed A., Gad AF., Fakhfakh A., Kandeil A., Ahmed M., Mostafa A., Ahmed OS., Reggad A., Taha A., Vida A., Bensalem A., Sivro A., Hachid A., Ajili F., Ajogbasile FV., Adegnika AA., Siliadin A., Natasha AP., Balde A., Lemtudo A., Sanaa-amine A., Alaruusi AM., Ouro-Medeli A., Nyunja A., Rizzo A., Abdissa A., Debela AT., Mancon A., Marcello A., Goredema A., Greninger A., Ndjolo A., Niyomwungere A., Mari A., Mayor A., Ali MA., Zumla A., Ben Kahla A., Grad A., Kabanda A., Tia A., Camara A., Zumla A., Dieng AB., Maiga AI., Sall AA., Daou A., Naguib A., Souiri A., Zouaki A., Ghita A., Mveang-Nzoghe A., Koné A., Koné AMM., Ahouidi A., Benyahia A., Nagiub A., Amer KE., Dorkenoo A., Barkat A., Dia A., Mbaye A., Mboup A., Thiam AS., Lahlou AI., Wadi AS., Ehlan A., Marion A., Aziza A., Strydom A., Abbad A., Nkeshimana A., Mulu A., Maaroufi A., Luquette AE., Shiningavamwe A., Moreira-Soto A., Azman A., Bennett AJ., Tarupiwa A., Latifa A., Badjo A., Angelov A., Brisebarre A., Detweiler AM., Ndong A., Werno A., NDiaye AJS., Sander A-L., Annajr B., D'Aprile A., van der Linden A., van der Eijk A., Erhart A., Somboro AM., Dagnran A., Ahumibe A., Levasseur A., van der Linden A., Dara A., Jegede-Williams A., Aouni M., Arjarquah A., Uwituze A., Upton A., Poda A., Somé A., Zongo A., Massinga A., 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Mabika DA., Bamourou D., Samaté D., Diarra B., Raoult D., Mutangana D., Nyepetsi DETG., Ada DON., Salah D., Cedola D., Harding D., Yeboah-Manu D., Ange D., Djomsi DM., Drinkovic D., Draper C., Sahr DF., Odewale E., Sedjro E., Armand E-M., Kigozi E., Koskei E., Nkwembe E., de Oliveira Filho EF., Maria da Costa E., Kiritu E., Lim ES., Ozer EA., Egyir B., Abuelenein EA., Ngole EM., Aissam EA., Zahra EAF., Adil EH., Abdelmjid EO., El-Shaqnqery H., El-Zayat M., Abualas E., Hicham E., Elargoubi A., Kidane E., Rizgalla E., Elhoseny MM., Elhosieny FW., Carniel E., Nyakarungu E., Elkhateeb SM., Benaissa E., El Fahime E., Elouanass M., Elsissy MH., Mbongo-Nkama E., Latif EMESAI., Edu E., Orsini E., Skarwan E., Stefanov EK., Nasinghe E., Nepolo E., Ogunbayo E., Munger E., Permal E., Gaies E., Ennibi H., Khalid E., Kotey E., Smit E., Lelo EA., Adu E., Delaporte E., Katagirya E., Kezakarayagwa E., Muthanje E., Magalhães ELM., Asiedu E., Livo E., Umumararungu E., Chitechi E., Omuseni E., Alain EM., 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G., Lo G., Gosnell BI., Gottberg A., Belournou GA., Oni G., Vincent G., Wani G., Barreh GA., Garcia G., Deng G., Guseva NP., Mbembo GPM., Padzys GS., Gwayi S., Ben Romdhane H., Naija H., Diallo H., Hadad A., Hafez MM., Ladhari H., Elshora H., Dadi H., Mohammed H., Kabbaj H., Hafez H., Halafawy A., Tinto H., Ndiaye HD., Assane H., Hamdani TN., Hamdy MS., Namagembe H., Hammad M., Hammami A., Gharmaz H., Andersson HS., Dakka H., El Jebari H., Soliman HK., Houda H., Harvey R., Benkirane H., Aguenaou H., Ihazmad H., Hassan R., Hassan W., Ahmed H., Sogodogo H., Seth-Smith H., Razafimanjato H., Koka H., Mouhssine H., Mwebesa H., Perez H., Tchoudjin HCP., Elannaz H., Oumzil H., Frempong HO., Fidelia H., Elarab HE., Xie H., Benrahma H., Arrouchi H., Guedouar H., Luo H., Bassène H., Si H., Goodfellow I., Guindo I., Halilou I., Abdillahi IS., Lahlou I-A., Diawara I., Egoh I., Ige FA., Iknane AA., Bnouyahia I., Osman IO., Ben Boubaker IB., Hassan IA., Foda I., Smyej I., Kacem I., Mdini I., Mkada I., Mandomando I., Comas I., Mdini I., Inglês L., Mudau I., JOEL IY., Chestakova I., Cancino I., Phiri I., Boussoukou IPM., Ismail A., Osei-Wusu I., Maman I., Barilar I., Asante IA., Gerard I., Heikel J., Souopgui J., Marx J., Jalal D., Nourlil J., El Atar J., Ben Khelil J., Rahoui J., Fekkak J., Mutisya J., Ussher J., Exler JF., MaCauley J., Majanja J., Jannoo N., Manneh J., Scharnberg J., Schlotterbeck J., Chimedza J., Bouzid J., Niyibigira JB., Djontu JC., Maritz J., Cigolo J-CM., Monemou J-L., Umuringa JD., Delerce J., Ndaruhutse J., Nkurunziza J., Asamoah JA., Sherwood J., Wang J., Marti-Carerras J., Mutungi JK., Mutungi J., Siawaya JFD., Koivogui J., de Ligt J., Njuguna J., Rumunu J., Tembo J., Waitumbi J., Adeniji JA., Rigby J., Hellemans J., Fokam J., DeRisi JL., Makhema J., Mugisha J., Shaibu JO., Oliver-Commey J., Bwogi J., Freeman J., Isong JA., Nyataya J., Ayoola J., Appiah-Kubi J., Hultquist JF., Gedeon J., Sokei J., Howard J., Schneider J., Campbell J., Elvy J., Jumaa 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